La Direction des Opérations regroupe les composantes nécessaires à l’ensemble des opérations menées par l’ANAF: renseignements, investigations, enquêtes, surveillances. Par décret Présidentiel, les agents de l’agence sont autorisés à intervenir en tout lieu (Public ou Privé) du territoire de la république Malagasy.
Sont directement rattachées à la Direction des Opérations: une Direction Technique et Informatique, une Direction des Enquêtes et Investigations, une Direction Analyses et Synthèses et une Direction Juridique et Financière.
